施用化肥會造成污染，使地力下降，加重水土流失和增加能量消耗。但施化肥對于永久性的果樹來說是必需的，因果樹吸收的礦質(zhì)營養(yǎng)元素都必須是無機形態(tài)時方能為果樹利用。植物吸收這些營養(yǎng)元素后通過光合作用形成各種有機物，供動物和人類利用。所剩余的有機質(zhì)也必須通過腐生生物分解為無機形態(tài)后，方可被果樹吸收利用。
    當有機質(zhì)分解形成的礦質(zhì)元素和來自巖石土壤、空氣、雨水的礦質(zhì)元素不能滿足果樹不斷提高單位面積產(chǎn)量和質(zhì)量需要時，合理增施化肥是完全符合自然規(guī)律的仿生栽培措施。這種措施基礎一旦失去就會使果樹生長失調(diào)，最終導致果樹減產(chǎn)降質(zhì)。土壤板結(jié)，土壤沖刷加劇的現(xiàn)象，并非完全因施用化肥引起，而主要是由于使用化肥后減少或不施有機肥以及灌溉不當所造成。在有機質(zhì)充分歸還土壤的前提下，即使長期施用化肥也不會因破壞土壤結(jié)構，而加劇水土流失。
    關于化肥施用后造成土壤環(huán)境污染的問題，其一是某些元素施用過量，如硝態(tài)氮過量施用就會產(chǎn)生NO2-，這可以從減少過量施用或者通過改善土壤結(jié)構加以調(diào)節(jié)解決。其二是在化肥生產(chǎn)中盡量減少有毒物雜質(zhì)，如化肥中的鎘等有毒物質(zhì)，需要在制造中消除。在化肥的施用中，特別是氮肥，能量消耗多，這可通過利用菌肥來減少化肥用量，從而得以解決。

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